(一)擬訂中醫(yī)藥和民族醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展的戰(zhàn)略、規(guī)劃、政策和相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)，起草有關(guān)法律法規(guī)和部門規(guī)章草案，參與國家重大中醫(yī)藥項(xiàng)目的規(guī)劃和組織實(shí)施。
(二)承擔(dān)中醫(yī)醫(yī)療、預(yù)防、保健、康復(fù)及臨床用藥等的監(jiān)督管理責(zé)任。規(guī)劃、指導(dǎo)和協(xié)調(diào)中醫(yī)醫(yī)療、科研機(jī)構(gòu)的結(jié)構(gòu)布局及其運(yùn)行機(jī)制的改革。擬訂各類中醫(yī)醫(yī)療、保健等機(jī)構(gòu)管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)并監(jiān)督執(zhí)行。
(三)負(fù)責(zé)監(jiān)督和協(xié)調(diào)醫(yī)療、研究機(jī)構(gòu)的中西醫(yī)結(jié)合工作，擬訂有關(guān)管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)。
(四)負(fù)責(zé)指導(dǎo)民族醫(yī)藥的理論、醫(yī)術(shù)、藥物的發(fā)掘、整理、總結(jié)和提高工作，擬訂民族醫(yī)醫(yī)療機(jī)構(gòu)管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)并監(jiān)督執(zhí)行。
(五)組織開展中藥資源普查，促進(jìn)中藥資源的保護(hù)、開發(fā)和合理利用，參與制定中藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃、產(chǎn)業(yè)政策和中醫(yī)藥的扶持政策，參與國家基本藥物制度建設(shè)。
(六)組織擬訂中醫(yī)藥人才發(fā)展規(guī)劃，會(huì)同有關(guān)部門擬訂中醫(yī)藥專業(yè)技術(shù)人員資格標(biāo)準(zhǔn)并組織實(shí)施。會(huì)同有關(guān)部門組織開展中醫(yī)藥師承教育、畢業(yè)后教育、繼續(xù)教育和相關(guān)人才培訓(xùn)工作，參與指導(dǎo)中醫(yī)藥教育教學(xué)改革，參與擬訂各級(jí)各類中醫(yī)藥教育發(fā)展規(guī)劃。
(七)擬訂和組織實(shí)施中醫(yī)藥科學(xué)研究、技術(shù)開發(fā)規(guī)劃，指導(dǎo)中醫(yī)藥科研條件和能力建設(shè)，管理國家重點(diǎn)中醫(yī)藥科研項(xiàng)目，促進(jìn)中醫(yī)藥科技成果的轉(zhuǎn)化、應(yīng)用和推廣。
(八)承擔(dān)保護(hù)瀕臨消亡的中醫(yī)診療技術(shù)和中藥生產(chǎn)加工技術(shù)的責(zé)任，組織開展對(duì)中醫(yī)古籍的整理研究和中醫(yī)藥文化的繼承發(fā)展，提出保護(hù)中醫(yī)非物質(zhì)文化遺產(chǎn)的建議，推動(dòng)中醫(yī)藥防病治病知識(shí)普及。
(九)組織開展中醫(yī)藥國際推廣、應(yīng)用和傳播工作，開展中醫(yī)藥國際交流合作和與港澳臺(tái)的中醫(yī)藥合作。
(十)承辦國務(wù)院及衛(wèi)生部交辦的其他事項(xiàng)。